雲運算超級電腦 助研究發現新病毒

Sequence Read Archive (SRA), 的以次世代測序的DNA和 RNA數據，覆蓋地球各地多樣化生態系統。

醫療創新

自古人類與病毒共存，地球上的病毒種類，估計總數超過1億。人類也多次因病毒引發的疫症或傳染病，社會經濟大受打擊；包括了1918年西班牙流感、愛滋病毒、沙士非典型肺炎、伊波拉病毒、COVID-19新冠肺炎等。

預測未來疫症的來源，首先須預先發現地球各種病毒，快速開發診斷工具，以減輕疫情的爆發機會，並迅速預計自然界的病毒，何時會從動物洗牌，轉而能夠感染人類。

SRA database (Sequence Read Archive) 儲存全球科學家上載以次世代測序數據的原始檔案的數據，包括以次世代測序DNA和 RNA數據，公開供研究人員下載，內容覆蓋了地球各地多樣化生態系統。這些數據可能包含數以十萬種的新病毒，但這個數據集之大，一般系統難以應付和分析。

Amazon Web Services （AWS）與加拿大的英屬哥倫比亞大學雲端創新中心 (UBC CIC) 合作，以AWS的超級運算平台，短短11天內蒐集近600萬份公開生物樣本，識別超過13萬種全新的核糖核酸（RNA）病毒；包括9種新冠病毒。目前肆虐全球的COVID-19新冠肺炎病毒，亦是RNA冠狀病毒之一，普遍相信源頭來自蝙蝠所帶的病毒。

如果科學家以傳統電腦進行此項RNA病毒研究，預計需2,000年完成；透過識別溯源新型病毒，科學家希望可在病毒感染人類、牲畜、農作物和瀕危物種之前，防範於未然，通過及早識別病毒，協助預防全球疫症爆發。

UBC CIC團隊和全球計算病毒學家展開「The Open Virome」計畫，建立用於發現病毒的公開雲端運算平台Serratus。研究成果發佈在《自然》（Nature）期刊，而團隊同時亦公開病毒數據庫，以助加速全球研究RNA病毒。

RNA病毒所引起的疾病；包括了季節性感冒、流感、SARS、新冠肺炎、丙型肝炎、伊波拉、狂犬病、小兒麻痺症和麻疹。RNA病毒複製和變種的速度之快，易於感染不同宿主。基因組學研究人員及早識別新冠病毒，可徹底改變全球疫情。

科學家以往花數十年，以分析及研究各項數據，最終只發現了1.5萬種病毒。以AWS服務「The Open Virome 」，足足節省了數年時間。

11天內團隊處理了570萬個測序的數據集，只耗用了2.4萬美元（約18.8萬港元）經費，已發現了13萬種的新型RNA病毒，研究人員不僅識別潛在有害新病毒，更可提醒科學家注意導致新冠肺炎病毒（SARS-CoV-2 virus）可能出現的潛在突變，以助改善診斷測試和疫苗開發周期。